南方科技大学不是教育部直属大学，南方科技大学是广东省直属大学，位于广东深圳，入选双一流建设大学。
教育部直属大学 是指由教育部直接管理的一批大学，是中央直属高等教育机构的重要组成部分。
教育部直接管理多所高等院校，目的是迈出探索改革的第一步，改善教学、发挥科学研究和社会服务的示范作用。全国高校管理体制调整后，一群更强的、学科特色鲜明的大学均属教育部直属。
没有教育部直属大学的省份，教育部以部省联动的方式重点支持河北大学、山西大学、蒙古大学、南昌大学、郑州大学、广西大学、海南大学、贵州大学、云南大学、西藏大学、青海大学、宁夏大学、新疆大学、石河子学院等14所高校建设。
南方科技大学，简称“南方科技大学”，位于广东省深圳市，是国家“双一流”建设大学、国家高等教育综合改革实验学校、广东省高水平科技大学、广东省高水平大学，入选深圳市国际友城大学联盟、深圳大学创新创业教育联盟，这是中国高等教育改革和发展背景下的深圳市、主要借鉴香港科技大学教育经验创办的一所新型公立研究型大学。
2010年12月20日，中华人民共和国教育部批准深圳市人民政府正式筹建南方科技大学，同年，深圳市人民政府明确南方科技大学为深圳市人民政府直属事业单位；2012年4月16日，中华人民共和国教育部批准设立南方科技大学，明确由广东省人民政府管理、深圳市人民政府举办的公办普通高等学校；2018年5月，南方科技大学获批博士学位授予单位。
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