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1957年8月，学校获国家批准开办非全日制大学，开始从事成人教育工作，当年举办了五年制医学专科课程，1964 年 9 月关闭。1984年9月恢复成人教育招生（夜大形式），隶属于学校教务处。1990年成立成人教育部。1992年4月，成人教育学院是在原大学和成人教育学部的基础上组建的，开始招聘下班员工、半全日制、函授课程和夜间学位课程的学生。2005年10月，适应继续医学教育的发展，扩大医学成人高等教育服务范围，进一步拓展新的工作领域，继续教育学院成立，与成人教育学院合并。2018年底，学校赋予学院新职能，形成高等教育继续教育、具有同等学历的考生申请硕士学位、在职医生申请临床医学博士学位专业医生一体化培养模式。

2019 年 7 月 18 日，经济学院党委常委会研究决定，原继续教育学院党支部撤销，成立继续教育学院直属党支部。学院现设有党政办公室、招生与社会培训管理办公室、教学管理办公室、考试评估中心、学生及招生管理办公室、非学历教育管理办公室。在附属阜阳医院设立分院，安庆医学院、黄山职业技术学院、安徽卫生职业学院、安徽省淮北卫生学校设立教学点。目前有各级各类专业在校学生近2万人，包括在职申请临床医学博士学位专业学位的医生、作为研究生申请具有同等学历的硕士学位、成人高等教育从专科到本科三个层次。这些年来，学院坚持党的教育方针，坚持立德树人根本使命，累计为社会培养了近10万名各级医疗卫生人才，为推动区域卫生发展做出突出贡献，获得社会广泛赞誉和信赖。

党的十九大报告提出“办好继续教育，加快建设学习型社会，大力提高公民素质”。学校第八次党代会提出支持持续发展，稳步扩大继续教育规模的目标，将继续教育高质量发展纳入学校高素质人才统一培养。面对未来，学院将高举伟大思想旗帜，全面贯彻党的继续教育方针，坚持为党育人、为国家培养人才，坚定不移落实“两个坚持”实现“两个更大”目标要求，内功全面改革，大力开展在线教育教学，形成“学院-职能部门-培养单位（教学点）-年级主任-班主任”五级网格化管理体系，着力推进治理能力和治理体系现代化；与外国势力合作办学，充分利用社会资源和力量，着力拓展持续发展空间。贯彻新发展理念，创新，采取积极行动，开创继续教育高质量发展新局面，为学校开创全国一流高水平医科大学建设新局面而不懈努力！