新疆本科院校名单包括新疆大学、塔里木大学、新疆农业大学、石河子大学、新疆医学院、新疆师范大学、喀什大学、伊犁师范学院、新疆财经大学等，具体名单请参见下表。
| 序号 | 学校名称 | 省区 | 城市 | 层次 | 备注 |
| 1 | 新疆大学 | 新疆 | 乌鲁木齐 | 本科 | 公办 |
| 2 | 塔里木大学 | 新疆 | 阿拉尔 | 本科 | 公办 |
| 3 | 新疆农业大学 | 新疆 | 乌鲁木齐 | 本科 | 公办 |
| 4 | 石河子大学 | 新疆 | 石河子 | 本科 | 公办 |
| 5 | 新疆医科大学 | 新疆 | 乌鲁木齐 | 本科 | 公办 |
| 6 | 新疆师范大学 | 新疆 | 乌鲁木齐 | 本科 | 公办 |
| 7 | 喀什大学 | 新疆 | 喀什 | 本科 | 公办 |
| 8 | 伊犁师范大学 | 新疆 | 伊犁 | 本科 | 公办 |
| 9 | 新疆财经大学 | 新疆 | 乌鲁木齐 | 本科 | 公办 |
| 10 | 新疆艺术学院 | 新疆 | 乌鲁木齐 | 本科 | 公办 |
| 11 | 新疆工程学院 | 新疆 | 乌鲁木齐 | 本科 | 公办 |
| 12 | 昌吉学院 | 新疆 | 昌吉 | 本科 | 公办 |
| 13 | 新疆警察学院 | 新疆 | 乌鲁木齐 | 本科 | 公办 |
| 14 | 新疆理工学院 | 新疆 | 阿克苏 | 本科 | 公办 |
| 15 | 新疆第二医学院 | 新疆 | 克拉玛依 | 本科 | 公办 |
| 16 | 新疆科技学院 | 新疆 | 巴音郭楞 | 本科 | 公办 |
| 17 | 新疆政法学院 | 新疆 | 图木舒克 | 本科 | 公办 |
| 18 | 新疆农业大学科学技术学院 | 新疆 | 乌鲁木齐 | 本科 | 民办 |
| 19 | 新疆天山职业技术大学 | 新疆 | 乌鲁木齐 | 本科 | 民办 |
| 全国排名 | 公办大学 |
| 108 | 新疆大学 |
| 167 | 石河子大学 |
| 176 | 新疆农业大学 |
| 181 | 新疆医科大学 |
| 216 | 新疆师范大学 |
| 256 | 塔里木大学 |
| 281 | 新疆财经大学 |
| 384 | 伊犁师范大学 |
| 389 | 新疆工程学院 |
| 427 | 喀什大学 |
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